Créé à la suite de fouilles préhistoriques réalisées dans la seconde moitié du siècle dernier dans le cadre d’une perspective clairement évolutionniste et bien adaptée à l’idée de progrès soutenue par l’idéologie positiviste de l’époque, il a été inauguré en 1871 grâce à la travail de son premier directeur, Carlo Boni.

Les collections archéologiques, classées par ordre chronologique et topographique, sont composées d'œuvres datant d'un moment avancé du paléolithique inférieur jusqu'au Moyen Âge.

Les découvertes préhistoriques, en particulier les découvertes néolithiques de Fiorano et Pescale (Ve-IVe millénaire av. représente le noyau fondamental du musée - avec de nombreux objets en céramique, en bronze et en corne de cerf.

La section ethnologique, créée entre 1875 et les premières décennies du XXe siècle, est composée de découvertes de différentes zones géographiques, qui témoignent dans de nombreux cas de cultures aujourd'hui éteintes ou en voie de disparition. La disposition actuelle des collections respecte la division originale du XIXe siècle en zones géographiques: Nouvelle-Guinée, Amérique du Sud, Pérou précolombien, Afrique et Asie.