Establecido a partir de excavaciones principalmente prehistóricas realizadas en la segunda mitad del siglo pasado en el marco de una perspectiva claramente evolucionista que se adaptó bien a la idea de progreso sostenida por la ideología positivista de la época, se inauguró en 1871 gracias a los ilustrados. Obra de su primer director, Carlo Boni.

Las colecciones arqueológicas, ordenadas cronológicamente y topográficamente, se componen de obras desde un momento avanzado en el período paleolítico inferior hasta la Edad Media.

Particularmente significativos son los hallazgos prehistóricos, sobre todo los neolíticos de Fiorano y Pescale (5º a 4º milenio aC) originados en las excavaciones de F. Malavolti, y los de los habitantes de Terramare de la Edad del Bronce, que Representa el núcleo fundamental del museo, con numerosos objetos de cerámica, bronce y ciervo.

La sección etnológica, establecida entre 1875 y las primeras décadas del siglo XX, se compone de hallazgos de diferentes áreas geográficas, que en muchos casos son testimonio de culturas ya extintas o extinguidas. La disposición actual de las colecciones respeta la división original del siglo XIX en áreas geográficas: Nueva Guinea, América del Sur, Peru precolombino, África y Asia.