Instalado a seguir principalmente escavações pré -históricas realizadas na segunda metade do século passado, dentro da estrutura de uma perspectiva claramente evolucionista que se adaptou bem à idéia de progresso sustentada pela ideologia positivista da época, foi inaugurada em 1871 graças ao iluminadoTrabalho de seu primeiro diretor, Carlo Boni.

As coleções arqueológicas, organizadas cronologicamente e topograficamente, são compostas de obras de um momento avançado no período paleolítico inferior para a Idade Média.

Particularmente significativos são os achados pré -históricos, acima de todos os neolíticos de Fiorano e Pescale (5 a 4º milênio B. C.) originários das escavações de F. malavolti, e as dos habitantes de Terramare da Idade de Bronze - queRepresentar o núcleo fundamental do museu - com numerosos objetos de cerâmica, bronze e cheiro de veados.

A seção etnológica, criada entre 1875 e as primeiras décadas do século XX, é composta por achados de diferentes áreas geográficas, que em muitos casos prestam testemunho até agora extintas ou morrendo culturas.O arranjo atual das coleções respeita a divisão original do século XIX em áreas geográficas: Nova Guiné, América do Sul, Perinas pré-colombianos, África e Ásia.