La Biblioteca Estense (Bibliothèque d'Estense) était la bibliothèque familiale des ducs d'Este. Datant au moins du XIVe siècle, il s’est largement enrichi pendant la Renaissance de Ferrara et s’est finalement établi à Modène au début du XVIIe siècle.

La bibliothèque est située dans le Palazzo del Musei et c'est l'une des bibliothèques les plus importantes en Italie.
Aujourd'hui, la collection de la bibliothèque contient plus de 500 000 ouvrages imprimés, environ 11 000 codex, plus de 100 000 feuilles de manuscrit et 1 662 incunables. Parmi les manuscrits, le plus célèbre est la Bible de 1 200 pages de Borso d'Este, bordée de miniatures.

La bibliothèque contient de nombreux manuscrits médiévaux, parmi lesquels des manuscrits bibliques: Codex Mutinensis, Minuscule 358, 359, 585, 586, 618, 111.

La bibliothèque de l'université d'Estense possède une salle d'exposition, La Sala Campori, qui a accueilli par le passé l’exposition permanente de codes enluminés. Ces dernières années, afin de satisfaire les nombreux intérêts des visiteurs de la bibliothèque ainsi que la décision de valoriser une grande partie de la richesse bibliographique de la bibliothèque, qui resterait inconnue, des expositions thématiques ont été organisées dans la Sala Campori. .

Cependant, certains codes sont toujours affichés et présentent un intérêt particulier du point de vue historique et bibliographique: ainsi que la Bible de Borso d'Este toujours exposée dans la salle et les deux cartes géographiques les plus précieuses conservées dans l'institut - La carte de Catalana et la carte de Cantino - la plus grande partie des expositions présentées à la bibliothèque de l'université d'Estense comprend également le missel de Borso, le bréviaire d'Hercule I, le missel d'Anna Sforza, le De Sphaera.

On connaît aussi dans le monde entier sa collection de manuscrits musicaux et de livres imprimés, le Raccolta Musicale Estense.