Les jardins botaniques de Modène ont été fondés en 1758 par le duc Francesco III d'Este, qui a réservé une partie du jardin pour l'exposition de plantes médicinales.

En 1765 fut créée la "Chaire publique de botanique au service de la Faculté de médecine et des herbes aromatiques". Cela a été suivi par la procédure de construction d'un "appareil de chauffage" permettant d'ajouter des plantes exotiques aux côtés de celles cultivées auparavant.

En 1772, avec les grandes réformes de l'université publiées par Francesco III, les jardins botaniques passèrent sous l'université.

La même année, à la suite d'un projet de l'architecte Giuseppe Maria Soli, les parcelles destinées à la culture de plantes médicinales ont été aménagées et un grand réservoir situé au sud a été excavé pour permettre l'irrigation et l'hébergement d'espèces aquatiques. flore.

Depuis 1775 avec les réformes de l'université, la section botanique est devenue une science avec le professeur Roberto Francesco De Laugier, appelé à Vienne pour présider la section.

Il donna une orientation résolument scientifique aux jardins, organisant les plantes selon la classification de Tournefort et introduisant diverses espèces de pays tropicaux.

Le vent de révolution provoqué par l'occupation française de Modène le 6 octobre 1796 mina considérablement l'université.

En fait, l'Université a changé de nom et s'appelle désormais Lyceum. Les jardins ont eu des répercussions même au niveau organisationnel.

L'acquisition de nombreuses collections botaniques, dont le riche jardin du comte Cattaneo de Novara, date de cette époque.

Vers 1820, un programme d'échange avec 126 jardins botaniques du monde entier a été ajouté. Au cours de cette période, les jardins ont été enrichis, notamment, par l’herbier créé par De Brignoli.

Le don du professeur Gibelli, qui a légué sa bibliothèque et sa collection de cryptogrammes vasculaires aux Jardins, a suscité un vif intérêt.

Dans les années 1920, on acquit l'herbier à lichens du docteur Baglietto qui, avec quelques autres déjà possédés, fait de l'herbier à lichens l'un des plus importants herbiers italiens historiques.

Plus tard, l'acquisition de l'importante collection privée d'herbiers du général Vaccari et d'Emilio Chiovenda a permis d'améliorer les ressources botaniques avec des échantillons provenant de l'Érythrée et de la Somalie.