Modena Botanical Gardens grundades 1758 av Duke Francesco III d'Este som avsatte en del av trädgården för utställningen av medicinalväxter.

1765 inrättades "offentlig ordförande för botanik till hjälp av fakulteten för medicin och aromatiska örter".Detta följdes av förfarandet för konstruktion av en "värmare" som gjorde det möjligt att lägga till exotiska växter längs de tidigare odlade.

1772, med de stora universitetsreformerna utfärdade av Francesco III, passerade de botaniska trädgårdarna under universitetet.

Samma år, efter en design av arkitekten Giuseppe Maria Soli, planerades tomterna för odling av läkemedel.flora.

Sedan 1775 med universitetsreformerna blev botanikavsnittet en vetenskap med professor Roberto Francesco de Laugier, som kallas in från Wien till ordförande i avsnittet.

Han gav en bestämt vetenskaplig orientering till trädgårdarna, arrangerade växterna enligt turneringsklassificeringen och introducerade olika arter från tropiska länder.

Revolutionens vindar förde in när franska trupper ockuperade Modena den 6 oktober 1796 undergrävde avsevärt universitetet.

I själva verket bytte universitetet namn till Lyceum och trädgårdarna kände återverkningarna även på organisatorisk nivå.

Förvärvet av många botaniska samlingar, inklusive den rika trädgården i Contaneo från Noara, datum till denna tid.

Runt 1820 tillkom ett utbytesprogram med 126 botaniska trädgårdar över hela världen.Under denna period berikades trädgårdarna, i synnerhet av Herbarium som inrättades av De Brignoli.

Av stort intresse var donationen som gjordes av professor Gibelli som testamenterade sitt bibliotek och samling av vaskulära kryptogram till trädgårdarna.

På 1920 -talet förvärvades Lichen Herbarium of Doctor Baglietto, vilket, tillsammans med några andra som redan ägs, gör Lichen Herbarium till en av de viktigaste historiska italienska herbariumerna.

Senare förvärvades den viktiga privata herbariumsamlingen av General Vaccari och Emilio Chiovenda att förbättra de botaniska tillgångarna med prover från Eritrea och Somalia.