Os jardins botânicos de Modena foram fundados em 1758 por Duke Francesco III d'Este, que reservam uma parte do jardim para a exibição de plantas medicinais.

Em 1765, foi criado o "Presidente Público da Botânica em auxílio da Faculdade de Medicina e Ervas Aromomáticas".Isto foi seguido pelo procedimento para a construção de um "aquecedor" que possibilitou adicionar plantas exóticas ao lado daquelas previamente cultivadas.

Em 1772, com as grandes reformas universitárias emitidas por Francesco III, os jardins botânicos foram aprovados pela universidade.

No mesmo ano, após um design da arquiteta Giuseppe Maria Soli, as parcelas para o cultivo de plantas medicinais foram colocadas e um grande tanque localizado ao sul foi escavado para ser usado para irrigação e hospedar aquáticoflora.

Desde 1775, com as reformas da universidade, a seção de botânica se tornou uma ciência com o Prof. Roberto Francesco de Laugier, chamou de Viena para presidir a seção.

Ele deu uma orientação decididamente científica aos jardins, organizando as plantas de acordo com a classificação do Tournefort e introduzindo várias espécies de países tropicais.

Os ventos da revolução trouxeram quando as tropas francesas ocuparam Modena em 6 de outubro de 1796, prejudicaram significativamente a universidade.

De fato, a universidade mudou seu nome para Lyceum e os jardins sentiram as repercussões mesmo no nível organizacional.

A aquisição de inúmeras coleções botânicas, incluindo o rico jardim do conde Cattaneo de Novara, data até o momento.

Por volta de 1820, foi adicionado um programa de troca com 126 jardins botânicos em todo o mundo.Durante esse período, os jardins foram enriquecidos, em particular, pelo herbário criado por De Brignoli.

de grande interesse foi a doação feita pelo professor Gibelli que legou sua biblioteca e coleção de criptogramas vasculares para os jardins.

Na década de 1920, foi adquirido o Herbário Lichen do Doutor Baglietto, que, juntamente com alguns outros já possuíam, faz do herbário de líquen um dos mais importantes herbários italianos históricos.

Mais tarde, a importante coleção privada de herbário de Vaccari e Emilio Chiovenda foi adquirida, aprimorando os ativos botânicos com amostras da Eritreia e da Somália.