Inaugurado en 1854 y enriquecido hasta 1926 principalmente por los directores anatómicos Paolo Gaddi y Giuseppe Sperino, el museo cuenta con cerca de cien mil piezas expuestas según el criterio de anatomía descriptiva, es decir, con fines documentales de los diversos aparatos humanos.

Entre las preparaciones naturales, singular son la colección de esqueletos fetales en posición erecta fijados en varias actitudes (49 especímenes del segundo al octavo mes de crecimiento) y tres momias femeninas hechas en el siglo XIX.

También hay dos colecciones de cráneos: la colección etnográfica-antropológica de Gaddi y el interesante núcleo de cráneos clasificados de acuerdo con la teoría de Lombroso, el fundador de la antropología criminal.

Las ceras anatómicas realizadas en la segunda mitad del siglo XIX por el modelador de cera Remigio Lei, bajo la Universidad de Módena como modelo del Instituto de Anatomía, y la terracota pintada del siglo XVIII, casi todas merecen una atención particular. De tamaño natural, que representa las diferentes etapas del embarazo y el parto, una obra de Giovan Battista Manfredini de Bolonia bajo la dirección del anatomista Francesco Febbrari.

El museo se origina en un núcleo inicial, construido bajo el reinado de Francesco III d'Este y correspondiente a la planta baja actual, con la inclusión de la logia, el teatro anatómico y algunas salas adyacentes.

La inauguración del teatro tuvo lugar en 1775 debido al compromiso del famoso anatomista Antonio Scarpa, profesor de anatomía en la Universidad de Módena. El diseño del teatro fue diseñado por el propio Scarpa, quien se inspiró en el teatro anatómico de la Universidad de Padua, el más antiguo de Italia.

En esta primera fase el museo aún no se entendía, sin embargo, algunas piezas conservadas allí se remontan a ese período; Se sabe, por ejemplo, que el mismo Scarpa había invitado a Módena, el ceroplasto Giovan Battista Manfredini, que anteriormente había realizado unos cincuenta modelos de sujeto obstétrico en terracota, para hacer diferentes preparaciones, que ahora no están disponibles.

Desde el momento de su inauguración, la fisonomía del museo, con las cuatro salas de intercomunicación, los tablones de anuncios y las ventanas de la distribución típica del siglo XIX, se ha mantenido sin cambios: esto se debe a la visualización en los tablones de anuncios de la tercera sala también de preparativos. relacionado con los animales, debido al hecho de que durante mucho tiempo la anatomía comparada ha sido una parte integral de la investigación anatómica en general.