Podobnie jak większość kościołów i dzieł sztuki w Mesynie, kościół św. Jana na Malcie również ucierpiał z powodu trzęsień ziemi. To, co możemy teraz podziwiać, to tylko część starożytnego budynku.

Kościół został założony w 535 r. przez A. Benedyktyńskiego mnicha Placido, w wyniku testamentu św. Benedykta z Nursji. Dał Placido zadanie założenia pierwszego klasztoru benedyktynów na Sycylii. W 541 r. A. D. budynek został zniszczony przez inwazję armii Saracenów i zabili Placido i jego męczenników. W 1136 r. Kościół i okoliczne tereny zostały przekazane Rycerzom św. Jana Jerozolimskiego i Malcie przez króla Rogera II. Budowę kościoła zlecono Jacopo del Duca, jednemu z uczniów Michała Anioła. Kościół z jedną nawą i dwiema nawami bocznymi zniszczył 19 ołtarzy podczas trzęsień ziemi w 1783 i 1908 roku. Obecnie można podziwiać tylko dwa z nich.

Barokowa fasada została zaadaptowana przez architekta Bazzaniego w 1913 r. podczas budowy budynku rządowego.

We wnętrzu można podziwiać freski poświęcone męczeńskiej śmierci św. Placido i małe muzeum, w którym pilnuje się paramentów i sztućców. Wewnątrz kościoła znajdują się ubrania św. Placido i pomnik pogrzebowy Francesco Maurolico.