Come molte delle chiese e delle opere d'arte presenti in città, anche la chiesa di San Giovanni di Malta ha subito diversi danni e trasformazioni a causa dei sismi che si sono succeduti nei secoli e ciò che è possibile ammirare oggi è solo parte dell'antico splendore di questo sito.

La chiesa fu fondata nel 535 d. C. dal monaco benedettino Placido per volere di San Benedetto da Norcia che lo incaricò di fondare il primo monastero benedettino in Sicilia. Nel 541 d.C. l'edificio venne distrutto a causa dell'invasione di un esercito saraceno e il monaco Placido, e i suoi fratelli che ne frattempo lo avevano raggiunto a Messina, trovarono il martirio e la morte. Nel 1136 la chiesa e il territorio che la circondava vennero donate da re Ruggiero all'ordine dei Cavalieri di San Giovanni di Gerusalemme e di Malta che si adoperarono per la sua ricostruzione che fu affidata a Jacopo del Duca (allievo di Michelangelo). 
La chiesa, suddivisa in tre navate, presentava ben 19 altari che furono poi distrutti dai terremoti del 1783 (a seguito del quale il sito venne nuovamente ricostruito) e del 1908. Oggi è possibile ammirarne soltanto due e la baroccheggiante facciata attuale è stata rimaneggiata dall'architetto Bazzani nel 1913, durante la costruzione dell'attuale Palazzo del Governo. 

All'interno è possibile ammirare gli affreschi dedicati al martirio di San Placido e un piccolo museo che custodisce paramenti e argenterie, oltre alle spoglie del Santo fondatore e il monumento funebre di Francesco Maurolico.