Net als de meerderheid van de kerken en kunstwerken van Messina, leed de kerk van St. Johannes van Malta ook schade en transformaties vanwege de aardbevingen.Wat we nu kunnen bewonderen, is slechts een deel van het oude gebouw.

De kerk werd opgericht in 535 A. D. Door de Benedictijnse monnik Placido, als gevolg van St. Benedictus van de wil van Norcia.Hij gaf Placido de taak van het oprichten van het eerste Benedictijnse klooster op Sicilië.In 541 A. D. werd het gebouw vernietigd door de invasie van een Saracen -leger en ze doodden Placido en zijn broers die werden gemarteld.In 1136 werden de kerk en het omliggende gebied gegeven aan de ridders van St. Johannes van Jeruzalem en Malta door koning Roger II.De bouw van de kerk kreeg de opdracht van Jacopo del Duca, een van de leerlingen van Michelangelo.De kerk, met één schip en twee zijbaden, had 19 altaren vernietigd tijdens de aardbevingen van 1783 en 1908. Tegenwoordig is het mogelijk om er slechts twee te bewonderen.

De barokke gevel werd in 1913 hersteld door de architect Bazzani, tijdens de bouw van het overheidsgebouw.

In het interieur is het mogelijk om enkele fresco's te bewonderen die zijn gewijd aan het martelaarschap van St. Placido, en een klein museum waar paramenten en zilverwerk worden bewaakt.In de kerk zijn er kleding van St. Placido en het begrafenismonument van Francesco Maurolico.