In de catacomben van San Sebastiano zijn vier niveaus opgegraven.In de buurt van de catacomben gaat de Appian Way door een vallei.Op de hellingen werden huizen en columbarii gebouwd.In de bodem van de vallei ("ad catacumbas" genoemd, werden nu synoniem met underground begraafplaats) drie mausolea gebouwd die waarschijnlijk het begin van de begraafplaats markeerden.Toen de kerk in de 3e eeuw de eigenaar werd van de site, werden de mausoleums bedekt door een platform dat werd geregeld als een overdekte binnenplaats genaamd een triclia.In de 4e eeuw werd een basiliek met een schip en twee gangpaden gebouwd boven de eerdere structuren en omgeven door mausolea.Het was hier, in de buurt van waar de apostelen Peter en Paul werden vereerd, dat St. Sebastian werd begraven.Hij was een soldaat gemarteld tijdens de vervolging in het bewind van Diocletianus (284-305).Toen hij eindelijk werd ontdekt als christen, in 286, werd hij overgedragen aan de Mauretische boogschutters, die hem met pijlen doorboorden;Hij werd uiteindelijk gedood door de slagen van een club en zijn lichaam werd in de Cloaca Maxima gegooid.Hij verscheen op wonderbaarlijke wijze aan de Matron Irene die zijn lichaam verzamelde en naar de catacomben droeg die zijn naam dragen.Zijn cultus werd zo populair dat in de 5e eeuw een crypte werd opgegraven rond zijn graf.De basiliek werd in de 13e eeuw veranderd en vervolgens herbouwd in de 17e eeuw voor kardinaal Scipio Borghese.De nieuwe kerk werd gebouwd boven het schip van het vorige gebouw.

De tour van deze catacombe, die tweede-eeuwse heidense graven samen met christelijke kapellen heeft, zal je een trap afnemen met stukjes sarcofagi met keizerlijke zeehonden.Onder de kerk zie je een gebied met drie gedecoreerde heidense graven met een aantal zeer aantrekkelijke fresco's en een vloermozaïek.Er wordt aangenomen dat zowel christelijke als heidense begrafenissen werden gehouden in de uitgebreide centrale kapel, waarvan de kluis acanthus en lotus-blad stucwerkdecoraties heeft.De kapel van symbolen heeft vroege christelijke symbolen erin gesneden.Een andere trap is een eetkamer voor begrafenisbanketten.De graffiti dateren uit de tweede eeuw.