Dentro das catacumbas de San Sebastiano, quatro níveis foram escavados.Perto das catacumbas, o Appian Way passa por um vale.Nas suas encostas, foram construídas casas e columparii.No fundo do vale (chamado "ad catacumbas", agora sinônimo de cemitério subterrâneo) foram erguidos três mausoléus que provavelmente marcaram o início do cemitério.Quando a igreja se tornou proprietária do local no século III, os mausoléus foram cobertos por uma plataforma organizada como um pátio coberto chamado triclia.No século IV, uma basílica com uma nave e dois corredores foi construída acima das estruturas anteriores e cercada por mausoléus.Foi aqui, perto de onde os apóstolos Pedro e Paulo foram venerados, que São Sebastian foi enterrado.Ele era um soldado martirizado durante a perseguição no reinado de Diocleciano (284-305).Quando ele finalmente foi descoberto como cristão, em 286, ele foi entregue aos arqueiros mauretanos, que o perfuraram com flechas;Ele foi finalmente morto pelos golpes de um clube e seu corpo foi jogado no cloaca Maxima.Ele apareceu milagrosamente para a matrona Irene, que colecionou seu corpo e levou para as catacumbas que levam seu nome.Seu culto se tornou tão popular que, no século V, uma cripta foi escavada em torno de sua tumba.A basílica foi alterada no século XIII, então reconstruída no século XVII para o Cardinal Scipio Borghese.A nova igreja foi construída acima da nave do edifício anterior.

O passeio deste catacomb, que possui túmulos pagãos do século II, juntamente com capelas cristãs, o levará por uma escada cravejada de pedaços de sarcófagos com focas imperiais.Debaixo da igreja, você verá uma área com três túmulos pagãos decorados com alguns afrescos muito atraentes e um mosaico de piso.Acredita-se que os funerais cristãos e pagãos foram realizados na elaborada capela central, cujo cofre tem as decorações de acanthus e estuque de folhas de lótus.A capela dos símbolos tem os primeiros símbolos cristãos esculpidos.Outra escada é uma sala de jantar para banquetes funerários.Os graffitos datam do segundo século.