Uvnitř katakomb San Sebastiano byly vykopány čtyři úrovně.V blízkosti katakomb prochází Appian Way údolím.Na svých svazích byly postaveny domy a Columbarii.Ve spodní části údolí (nazývané „ad catacumbas“ nyní synonymem podzemního hřbitova) byly postaveny tři mauzoleum, které pravděpodobně znamenaly začátek hřbitova.Když se kostel stal majitelem místa ve 3. století, mauzoleum byla pokryta platformou uspořádanou jako kryté nádvoří zvané Triclia.Ve 4. století byla nad dřívějšími strukturami postavena bazilika s lodi a dvě uličky a obklopena mauzoleum.Bylo to tady, poblíž místa, kde byli apoštoli Peter a Paul uctíváni, že byl pohřben St. Sebastian.Během pronásledování za vlády Diocletiana byl mučedník vojáka (284-305).Když byl konečně objeven jako křesťan, v roce 286 byl předán mauretským lukostřelcům, kteří ho propíchli šípy;Nakonec byl zabit údery klubu a jeho tělo bylo vrženo do Cloaca Maxima.Zázračně se objevil Matron Irene, která shromáždila své tělo a přenesla do katakomb, které nesou jeho jméno.Jeho kult se stal tak populárním, že v 5. století byla kolem jeho hrobky vykopána krypta.Bazilika byla změněna ve 13. století a poté přestavěna v 17. století pro kardinála Scipio Borghese.Nový kostel byl postaven nad lodí předchozí budovy.

Prohlídka této katakomby, která má pohanské hrobky druhého století spolu s křesťanskými kaplemi, vás vezme po schodišti poseté kousky sarkofági s císařskými pečeti.Pod kostelem uvidíte oblast se třemi zdobenými pohanskými hrobkami s některými velmi atraktivními freskami a podlahovou mozaikou.Předpokládá se, že křesťanské i pohanské pohřby se konaly v komplikované centrální kapli, jejíž trezor má štukové dekorace Acanthus a lotosové listy.Kaple symbolů má v sobě vyřezávané rané křesťanské symboly.Další schodiště je jídelna pro pohřební bankety.Graffiti se datují do druhého století.