Le pont de San Giorgio a été construit en bois (1198 - 1199) dans le cadre de l'intervention hydraulique de l'ingénieur Alberto Pitentino, qui a transformé l'environnement marécageux entourant la ville de Mantoue en un complexe de bassins lacustres, appelés lacs Mantoue, avec la fonction de protection contre les inondations et contre les armées ennemies. C'est Ludovico Gonzaga, à la fin du XIVe siècle, qui construisit le pont San Giorgio en maçonnerie, divisant en deux le lac Mezzo et le lac Inferiore, l'étendue d'eau formée en aval du barrage de Mulini.

Le pont faisait partie d'un système militaire défensif qui comprenait le village fortifié de San Giorgio, situé de l'autre côté de la cour Gonzaga. Le pont de San Giorgio a ensuite été recouvert, comme en témoigne une plaque de 1417 conservée au musée du Palazzo Ducale à Mantoue. La documentation la plus fiable et la plus éternelle sur le pont, datant de 1460 - 1461, se trouve à l’arrière-plan de la Mort de la Vierge d’Andrea Mantegna, un tableau qui est maintenant exposé à Madrid au musée du Prado.

La couverture sera démolie en 1634 à la suite des dégâts subis en 1630 lors du siège des Lanzichenecchi. Un autre siège aura son pont et le village de San Giorgio comme épicentre: la bataille de San Giorgio du 15 septembre 1796 qui s'opposera à l'armée napoléonienne et aux troupes autrichiennes. C'est pendant le siège de 6 mois que les Français ont presque complètement démoli le village de San Giorgio. Le seul bâtiment qui a survécu et est encore intact est la "forteresse de Sparafucile", ainsi nommée par l'un des protagonistes de l'œuvre de Giuseppe Verdi sur Rigoletto.

En 1922, les arches du pont ont été enterrées et le pont-levis, qui permettait le passage de bateaux entre les lacs de Mezzo et d'Inferiore, a été remplacé par la construction actuelle.