La estructura del monasterio se forma con la Iglesia, el Monasterio y la antigua farmacia de San Giovanni.
La iglesia fue construida para la orden de Benedectine entre 1498 y 1510, pero su elaborada fachada barroca de mármol blanco contrasta con la arquitectura renacentista de los claustros y conventos.
En el interior de la cruz latina, un friso que recorre la nave fue pintado en 1522-23 por Correggio, quien también decoró con grotescos las columnas de la nave, la entrada a la 5ª capilla norte y el famoso ciclo de frescos en la cúpula. tradicionalmente referido como la Visión de San Juan en Patmos, un tema poco común en la iconografía cristiana. El evangelista es representado como un anciano mirando al cielo, mientras la figura central de Cristo se está moviendo hacia él. La luz, los colores y la forma de las nubes sobre las que se asientan los apóstoles dan una ilusión de gran profundidad, libertad y dinamismo. Detrás del altar del siglo XVII en mármol policromado hay un gran lienzo de la Transfiguración de Girolamo Mazzola-Bedoli, quien también pintó el Matrimonio Místico de Santa Catalina en la 4ª capilla del norte (1536). Un coro de madera de Marcantonio Zucchi, con incrustaciones de motivos florales, vistas de pueblos y colinas e instrumentos musicales, corre alrededor del ábside.
Para que se note es también un putto debajo de la torre entre las pendientes del norte, recientemente atribuidas a Parmigianino, así como sus frescos en el pasillo del norte con figuras de santos.
A la izquierda de la entrada de la iglesia se encuentra el monasterio Benedectine, un enorme complejo con una casa capitular, un refectorio y elegantes claustros renacentistas: el Claustro de San Juan (1537), el Claustro del Capítulo (1500) con un portal de mármol y El Gran Claustro de San Benedicto. Los frescos de Correggio en la casa capitular muestran el sacrificio cristiano. En el monasterio se encuentra una biblioteca del siglo XVI con paredes pintadas al fresco y una colección de 20.000 libros y códices raros.