Die Klosterkonstruktion besteht aus der Kirche, dem Kloster und der Apotheke San Giovanni Old.
Die Kirche wurde zwischen 1498 und 1510 für den Benediktinerorden erbaut, ihre barockisierte Fassade aus weißem Marmor steht jedoch im Kontrast zur Renaissance-Architektur der Kreuzgänge und des Klosters.
Im Inneren des lateinischen Kreuzes wurde ein Fries, der entlang des Langhauses lief, 1522-23 von Correggio gemalt, der auch die Kirchenschiffsäulen, den Eingang zur 5. Nordkapelle und den berühmten Freskenzyklus in der Kuppel mit Grotesken verzierte. traditionell als die Vision des heiligen Johannes bei Patmos bezeichnet, ein ungewöhnliches Thema in der christlichen Ikonographie. Der Evangelist wird als alter Mann dargestellt, der in den Himmel schaut, während sich die zentrale Figur Christi auf ihn zu bewegt. Licht, Farben und die Form der Wolken, auf denen die Apostel sitzen, vermitteln eine Illusion von Tiefe, Freiheit und Dynamik. Hinter dem Altar aus polychromem Marmor aus dem 17. Jahrhundert befindet sich eine große Leinwand der Verklärung von Girolamo Mazzola-Bedoli, der in der 4. Nordkapelle (1536) auch die mystische Hochzeit der Hl. Katharina gemalt hat. Ein hölzerner Chor von Marcantonio Zucchi, eingelassen mit Blumenmotiven, Ansichten von Städten und Hügeln und Musikinstrumenten, verläuft um die Apsis herum. Zu erwähnen ist auch ein Putto unter dem Turm zwischen den nördlichen Pendentiven, der kürzlich Parmigianino zugeschrieben wurde, sowie seine Fresken im Nordgang mit Heiligenfiguren. Auf der linken Seite des Kircheneingangs befindet sich das Benediktinerkloster, ein riesiger Komplex mit einem Kapitelsaal, einem Refektorium und eleganten Renaissance-Kreuzgängen: dem St. Johannes-Kreuzgang (1537), dem Kapitel-Kreuzgang (1500) mit einem Marmorportal und der Große von St. Benedict Cloister. Fresken von Correggio im Kapitelsaal zeigen das christliche Opfer. Im Kloster befindet sich eine Bibliothek aus dem 16. Jahrhundert mit Wandfresken und einer Sammlung von 20.000 Büchern und seltenen Kodizes.