Die Basilika von Sant'Agata Maggiore befindet sich im Stadtzentrum, nur wenige Schritte von der Basilika San Francesco entfernt. Sie ist eine der ältesten Kirchen der Stadt, da sie im fünften Jahrhundert während des Episkopats von Petrus II. (494-519 n. Chr.) Errichtet wurde, dessen Monogramm im Kirchenschiff noch sichtbar ist. Die Apsis wurde im folgenden Jahrhundert während des Bistums Agnello (556-569 n. Chr.) Mit dem Beitrag von Julianius Argentarius erbaut.
Der Boden der ursprünglichen Kirche befindet sich jetzt etwa 2,50 Meter unter der Erdoberfläche.

Im Laufe der Zeit hat die Kirche mehrere Veränderungen erfahren. Im Hof, der ihn umgab (einst ein Friedhof), befand sich eine vierseitige Veranda, die im 16. Jahrhundert durch einen runden Glockenturm ersetzt wurde. 1688 wurden die Mosaiken der Apsis durch ein Erdbeben zerstört und der Fußboden um 2,50 Meter angehoben.

Bei den Restaurierungsarbeiten, die Giuseppe Gerola zwischen 1913 und 1918 durchgeführt hat, wurden der Fassade ein Prothyrum und ein Marmorfassadenfenster hinzugefügt. Der Innenraum ist in ein Kirchenschiff und zwei Gänge unterteilt. Die Struktur wird von Säulen getragen, von denen einige von korinthischen Kapitellen aus dem 6. Jahrhundert gekrönt werden.
Ein alter Schrein in der Nähe des Altars der Heiligen Agatha bewahrt die Asche des Sergius-Märtyrers und Bischofs Agnellus. Ein 1546 Gemälde von Luca Longhi zeigt die hl. Agatha zwischen der Heiligen Katharina von Alexandrien und Cecilia.