Открытый в 1854 году и обогащенный до 1926 года главным образом директорами по анатомии Паоло Гадди и Джузеппе Сперино, музей демонстрирует около ста тысяч экспонатов в соответствии с критерием описательной анатомии, то есть с документальными целями различных человеческих аппаратов.

Среди естественных препаратов особой являются коллекция скелетов плода в вертикальном положении, фиксированная в различных положениях (49 экземпляров со второго по восьмой месяц роста) и три мумии женского пола, изготовленные в девятнадцатом веке.

Существуют также две коллекции черепов: этнографо-антропологическая коллекция Гадди и интересное ядро ​​черепов, классифицированных по теории Ломброзо, основателя криминальной антропологии.

Анатомические воски, выполненные во второй половине девятнадцатого века мастером воска Ремигио Лей при Моденском университете в качестве моделиста Института анатомии, и расписанная терракота восемнадцатого века, почти все они заслуживают особого внимания. в натуральную величину, изображающий различные стадии беременности и родов, работа Джованна Баттиста Манфредини из Болоньи под руководством анатома Франческо Фебрари.

Музей происходит от первоначального ядра, построенного во времена правления Франческо III д'Эсте и соответствующего нынешнему первому этажу, с включением лоджии, анатомического театра и некоторых смежных комнат.

Торжественное открытие Театра состоялось в 1775 году благодаря работе известного анатома Антонио Скарпа, профессора анатомии в Университете Модены. Дизайн театра был разработан самим Скарпой, вдохновленный анатомическим театром Падуанского университета, старейшего в Италии.

На этом первом этапе музей еще не был понят, однако некоторые сохранившиеся там экспонаты относятся к тому периоду; например, известно, что тот же Скарпа пригласил в Модену церопласт Джован Батиста Манфредини, который ранее выполнил около пятидесяти моделей акушерских предметов в терракоте, чтобы сделать различные препараты, которые сейчас недоступны.

С момента своего открытия физиономия музея с четырьмя смежными комнатами, досками объявлений и окнами типичной планировки XIX века осталась неизменной: это связано с отображением на досках объявлений третьей комнаты также готовящихся связанных с животными, в связи с тем, что в течение длительного времени сравнительная анатомия была неотъемлемой частью анатомических исследований в целом.