Bazylika SS. Giovanni e Paolo stoi nad kompleksem składającym się z kilku rzymskich domów z różnych okresów. Zgodnie z tradycją było to mieszkanie Jana i Pawła, oboje, którzy ponieśli męczeństwo przez egzekucję, zostali pochowani na miejscu własnego domu (362 r.). W trzecim wieku naszej ery te różne właściwości zostały połączone pod jednym właścicielem i przekształcone w elegancki dom pogański charakteryzujący się pięknie urządzonymi pokojami.

Na początku IV wieku ne dom stał się miejscem spotkań wspólnoty chrześcijańskiej na tym obszarze, a pod koniec tego samego wieku stał się sanktuarium, a tu przyszli wierni i czcili groby męczennicy. Niektóre części budynku zostały zmienione na potrzeby kultu i utworzono nowy pokój: miał małe okno (fenestrella confessionis), a stąd wierni mogli zobaczyć groby męczenników.

Ściany tego pokoju ozdobiono cyklem fresków z połowy IV wieku. W czwartym wieku kościół został zbudowany: górne piętra domu zostały zniszczone, a parter wypełniony, co pozwoliło zachować pokoje.