La basilique de SS. Giovanni e Paolo se dresse sur un complexe comprenant plusieurs maisons romaines d'époques différentes. Selon la tradition, il s’agissait de la demeure de Jean et de Paul, qui, après avoir été martyrisés par l’exécution, ont été enterrés sur le site de leur propre maison (362 après JC). Au cours du troisième siècle de notre ère, ces différentes propriétés ont été réunies sous un seul propriétaire et transformées en une élégante maison païenne caractérisée par des pièces finement décorées.

Au début du quatrième siècle de notre ère, la maison devint un lieu de rencontre pour la communauté chrétienne de la région. À la fin du même siècle, elle devint un sanctuaire et les croyants vinrent ici vénérer les tombes du martyrs. Certaines parties du bâtiment ont été modifiées en fonction des besoins du culte et une nouvelle salle a été créée: il y avait une petite fenêtre (fenestrella confessionis) et à partir de là, les fidèles pouvaient voir les tombeaux des martyrs.

Les murs de cette salle ont été décorés avec un cycle de fresques datant du milieu du quatrième siècle. L'église a été construite au IVe siècle: les étages supérieurs de la maison ont été détruits et le rez-de-chaussée rempli, ce qui a permis de préserver les pièces.