La Basílica de los SS. Giovanni e Paolo se alza sobre un complejo que comprende varias casas romanas de diferentes épocas. Según la tradición, esta fue la morada de Juan y Pablo, quienes, quienes sufrieron el martirio por ejecución, fueron enterrados en el sitio de su propia casa (362 dC). Durante el siglo III d. C., estas diferentes propiedades se combinaron en un solo propietario y se transformaron en una elegante casa pagana caracterizada por habitaciones finamente decoradas.

A principios del siglo IV dC, la casa se convirtió en un lugar de reunión para la comunidad cristiana de la zona y, a fines del mismo siglo, se convirtió en un santuario y aquí los creyentes vinieron y veneraron las tumbas de mártires Algunas partes del edificio se modificaron según las necesidades del culto y se creó una nueva sala: tenía una pequeña ventana (fenestrella confessionis) y desde allí los fieles podían ver las tumbas de los mártires.

Las paredes de esta sala estaban decoradas con un ciclo de frescos que datan de mediados del siglo IV. En el siglo IV se construyó la iglesia: los pisos superiores de la casa fueron destruidos y la planta baja se rellenó, lo que permitió la conservación de las habitaciones.