De basiliek van SS.Giovanni E Paolo staat boven een complex met verschillende Romeinse huizen uit verschillende periodes.Volgens de traditie was dit de woning van Johannes en Paulus, die beiden, na martelaarschap door executie te hebben geleden, begraven op de plaats van hun eigen huis (362 AD).Tijdens de derde eeuw na Christus werden deze verschillende eigenschappen gecombineerd onder een enkele eigenaar en omgezet in een elegant heidens huis gekenmerkt door fijn gedecoreerde kamers.

Aan het begin van de vierde eeuw na Christus werd het huis een ontmoetingsplaats voor de christelijke gemeenschap van het gebied en aan het einde van dezelfde eeuw werd het een heiligdom en hier kwamen de gelovigen en vereerden de graven van de graven van demartelaren.Sommige delen van het gebouw werden gewijzigd in de behoeften van de cultus en er werd een nieuwe kamer gemaakt: het had een klein venster (Fenestrella Confessionis) en vanaf hier kon de gelovigen de graven van de martelaren zien.

De muren van deze kamer waren versierd met een cyclus van frescos die teruggaat tot het midden van de vierde eeuw.In de vierde eeuw werd de kerk gebouwd: de bovenste verdiepingen van het huis werden vernietigd en de begane grond gevuld, waardoor de kamers konden worden bewaard.