In epoca carrarese L'Università vide accrescere la propria fama grazie al munifico appoggio dei signori da Carrara, che mantennero uno stretto rapporto con i professori dello Studium. Molti insegnanti di valore furono chiamati a ricoprire cariche nella Cancelleria di Stato, nel corpo diplomatico e nelle fraglie, fino a rivestire anche il ruolo di familiari dei signori. Fu il caso di Jacopo Dondi (1293-1359), celebre anche per la costruzione dell'Orologio collocato da Libertino nella Reggia, il quale venne a Padova da Chioggia nel 1339 e ricoprì la cattedra di medicina, filosofia e astrologia, la stessa che nel primo Trecento era stata di Pietro d'Abano. Giovanni Dondi, figlio di Jacopo, insegnò medicina e inventò nel 1364 l'Astrarium, un orologio astronomico in grado di riprodurre meccanicamente il moto dei pianeti. Ubertino, durante il suo governo, inviò dodici studenti di medicina a Parigi per migliorarne la preparazione. Almeno due di essi, in seguito, insegnarono a Padova. Nel campo dei giuristi legati all'Università di Padova si ricordano Giovanni di Conversino da Ravenna e alcuni allievi, giuristi e letterati, come Pier Paolo Vergerio e Vittorino da Feltre. Canonista di indubbia fama fu Francesco Zabarella, convinto assertore della separazione dell'Università degli Artisti da quella dei Giuristi, in linea con un processo iniziato da Francesco I nel 1360 e concluso da Francesco II nel 1399. Altro importante intervento della Signoria fu la mediazione di Ubertino - fratello di Francesco I - presso papa Urbano V, perché concedesse all'Università padovana l'istituzione di una facoltà di teologia, sino ad allora privilegio dei soli atenei di Bologna e di Parigi. Di fondamentale importanza fu inoltre l'istituzione di numerosi collegi universitari destinati all'accoglienza degli studenti, anche stranieri. Uno dei più celebri fu il Collegio Pratense, che si trovava a fianco della Basilica del Santo. A tal proposito si deve ricordare che nel 1390 Francesco Novello autorizzava tutti i cittadini ad affittare le case agli studenti.