Inaugurato nel 1995 in occasione del Centocinquantesimo anniversario della celebre azienda, il museo si estende per 800 metri quadri con tutti i tradizionali ambienti di lavoro delle distillerie: dal laboratorio delle erbe, alle sale di lavorazione delle botti, fino all’ufficio contabile.
Nel Museo sono illustrate tutte le tappe aziendali da quando, nel 1845, il milanese Bernardino Branca, di famiglia originaria di Cernobbio, aprì a Pallanza il “Caffè del Portichetto” sperimentadovi, per uso personale, il primo fernet. Tornato a Milano nel 1862 fondò la fabbrica di liquori e sciroppi Fratelli Branca (intitolata ai tre figli Luigi, Giuseppe e Stefano), e cominciò a commercializzare il prodotto. Il successo fu tale da attraversare tutto il novecento. Oggi infatti l’azienda annovera tra le sue creazioni prodotti assai noti: Brancamenta, Stravecchio Branca, Grappe Candolini, linea specialità Sensèa, Caffè Borghetti, Punt e Mes, Carpano Bianco, Classico e Antica Formula, Sambuca Borghetti, a cui si affiancano - dal 1985 - i prodotti di Villa Branca (vino e olio Extravergine d'Oliva nel cuore del Chianti Classico), la cui storia è documentata nel Museo.
Nella collezione si trova il primo annuncio pubblicitario della Fratelli Branca,che risale al 14 febbraio 1865 sul quotidiano moderato milanese “La Perseveranza” (pubblicato a Milano dal 1859 al 1922). In quest’annuncio, nel formato di cm 10x10 circa, si legge che il Fernet-Branca si chiamava soltanto “Fernet”, decantato quale “febbrifugo, vermifugo, tonico, corroborante, calefacente e anti-colerico”.
All’insegna del motto latino “Novare serbardo” (innovare conservando), il primo marchio dell’azienda, disegnato dal noto illustratore Leopoldo Metlicovitz (uno dei maestri di Marcello Dudovich), con l’aquila che tiene la bottiglia di Fernet e il mondo sottostante, risale invece al 1893, e apparve nel calendario aziendale del 1895, ma venne registrato al Ministero dell'Economia Nazionale il 27 novembre 1905.
Il Fernet, all’inizio, veniva pubblicizzato come “liquore stomatico”. Più tardi fu presentato come liquore digestivo.
L’eccezionale raccolta dei manifesti  e dei calendari Liberty che, con illustrazioni sagacemente mutuate da esperienze francesi o addirittura acquistate direttamente da agenzie d'Oltralpe,  contribuì al successo dell’azienda. Tenendo d’occhio artisti quali Toulouse-Lautrec, Steinlen e Chéret, con un’accurata scelta di stampatori cromolitografici, la Fratelli Branca ordinò la stampa di grandi manifesti a colori che, soprattutto sino al 1914, contrassegnò “l’epoca d’oro” del Liberty italiano. È una raccolta affascinante, con artisti  quali Giuseppe Amisani ,Elio Stelminig, Plinio Codognato,Osvaldo Ballerio, Achille Luciano Mauzan e Leopoldo Metlicovitz.
Nella visita al Museo, che illustra una delle tappe significative per Milano nel passaggio alla modernità, i visitatori sono soprattutto attratti dalla documentazione relativa al celebre Fernet che, con la sua formula segreta mai svelata e a tutt'oggi custodita dalla famiglia e immutata nel tempo, diede un notevole contributo allo sviluppo dell’economia lombarda e nazionale tra la seconda metà dell’ Ottocento e il primo Novecento.
Il Fernet, esportato in tutto il mondo, ha avuto con prestigiosi riconoscimenti e premi in Italia e in Europa: a Firenze nel 1861, a Londra nel 1862, a Parigi nel 1867, a Vienna nel 1873.E,negli Stati Uniti, a Philadelphia, Melbourne e Chicago.