È una delle chiese più antiche di Milano: fu fondata nel IV secolo e ricostruita nel XIX secolo. Originariamente Sant’Eustorgio conteneva le reliquie dei Re Magi che furono trafugate e portate a Colonia da Federico Barbarossa. Dal XIII secolo, però, la chiesa assunse un ruolo importante: dal 1227 divenne la principale sede dell'Ordine Domenicano a Milano.
Il complesso architettonico della Basilica è particolarmente articolato. L'interno è costituito da tre navate. Scavi ottocenteschi hanno rivelato l’esistenza di un più antico edificio di culto, la cui abside, unica testimonianza paleocristiana giunta fino a noi, è sotto il coro dell'attuale basilica. Costruito su una necropoli suburbana di cui si conservano tracce significative, l’edificio paleocristiano è addossato a un più antico muro rettilineo, la cui forma originaria e la cui destinazione sono ancora oggi sconosciute. La mancanza di altri ritrovamenti rende assai complessa la ricostruzione e la datazione degli edifici sorti nell’area cimiteriale. È infatti impossibile stabilire se la costruzione più antica fosse un sacello funerario, una recinzione di area funeraria o un’aula di culto. Non è neanche chiaro se tale costruzione sia sorta sopra le sepolture cristiane del IV e del V secolo o se queste siano state aperte nel pavimento di una chiesa già esistente. Sicuramente la basilica ebbe grande rilievo nella vita religiosa della città, come provano la diffusione della leggenda di San Barnaba apostolo che avrebbe qui battezzato i primi cristiani, la sepoltura del vescovo Eugenio e la memoria delle reliquie dei re Magi, secondo la tradizione deposti in un sarcofago di donazione imperiale.
Nei secoli successivi alla fondazione furono aggiunte all'impianto romanico numerose cappelle, e, principalmente, sul solo lato destro. Due sono le più conosciute: la Cappella Brivio, del 1484, che contiene un sepolcro rinascimentale e un trittico di Bergognone; la Cappella Portinari, costruita a partire dal 1462 e voluta da Pigello Portinari, testimonia la presenza dell’arte fiorentina a Milano. Al suo interno, le parti superiori delle pareti sono state affrescate dall'artista Vincenzo Foppa tra il 1466 e il 1468 e nel 1871 sono riapparsi gli affreschi, poi restaurati nel 1915.
Dal 2011 la facciata e l’esterno delle cappelle gentilizie sono ravvivate dall’illuminazione permanente notturna, morbida e calda, che ne valorizza la bellezza dell’architettura e il nitore della decorazione in cotto, a pochi anni dagli interventi di restauro conservativo (1999). A coronamento dell'installazione, la stella di luce del campanile, in ricordo dell'astro che guidò i Re Magi.
LA NECROPOLI: sotto la navata centrale della basilica altomedievale sono state trovate tombe di età augustea (fine del I secolo a.C.- inizio del I secolo d.C.), oltre a testimonianze di sepolture cristiane databili a partire dal 377. Le epigrafi e i reperti archeologici fanno individuare in quest’area un cimitero preambrosiano extraurbano che, rimasto a lungo in funzione, fu anche utilizzato dal XII al XVI secolo come fonte di reliquie.
LE EPIGRAFI: le campagne di scavo archeologico degli anni 1959-1960 hanno riportato alla luce un certo numero di epigrafi, utilissime a ricostruire quali gruppi sociali fossero sepolti in quest’area cimiteriale, come l’iscrizione di un esorcista si rivela fondamentale per datare con sicurezza la trasformazione cristiana della necropoli.

E’ ormai tradizione secolare svolgere il corteo dei Re Magi ogni anno nella ricorrenza dell’Epifania. Il corteo, che parte da Piazza del Duomo e arriva a Sant'Eustorgio è una delle tradizioni più antiche di Milano.

Il restauro della facciata fu eseguito da Giovanni Brocca, nel 1862, liberando la piazza da vecchie case, accostate alla basilica. All’angolo di sinistra, guardando la chiesa, si nota la loggetta (o pulpito) costruita nel 1597 e dalla quale predicò, nel 1630, il cardinale Federico Borromeo.

Per antica tradizione gli arcivescovi destinati a Milano entrano in città da Porta Ticinese e compiono la prima sosta in Sant’Eustorgio.

L'illuminazione permanente notturna e la stella di luce sono creazione dell'architetto Filippo Panzera, una sorta di dipinto scenografico contemporaneo che esalta il fascino di una realtà architettonica antica. Lampade e materiali utilizzati si distinguono per l'efficienza e la durata di vita elevata, e si inseriscono in una serie di interventi illuminotecnici attuati nel 2011 in occasione dei 100 anni dell'Azienda Elettrica Municipale, gli stessi interventi che hanno valorizzato le vetrate del Duomo, il Museo della Scienza e della Tecnologia, la facciata della Stazione Centrale.
Dal portone a sinistra della basilica si accede al chiostro e quindi al piccolo museo di Sant’Eustorgio. Qui si può visitare la necropoli paleocristiana ricca di tombe e iscrizioni funerarie il cui nucleo più antico, inquadrabile tra III e IV secolo, proviene dal sepolcreto a cielo aperto che esisteva proprio in quest’area. Passando dalla ex sala Capitolare del primitivo convento domenicano si visita la sacrestia monumentale dove è esposta una preziosa raccolta di reliquie e arredi liturgici. Il percorso museale si conclude alla Cappella Portinari. Indiscusso luogo d’arte oltre che religioso, la Cappella Portinari è caratterizzata da un soffitto a cupola affrescato con storie religiose da Vincenzo Foppa. Nella Cappella si può ammirare un dipinto (attribuito a Benedetto Bembo) che raffigura il banchiere Pigello Portinari, inginocchiato davanti a San Pietro Martire.

La tomba in stile tardo gotico presente nella Cappella fu realizzata dall’architetto e scultore pisano Giovanni di Balduccio tra 1335 e il 1339. L'arca custodisce le spoglie di Pietro Rosini, conosciuto come Pietro Martire o Pietro da Verona, Priore di Como che morì la domenica delle Palme. Il priore, martire nel 1252, fu assassinato da due sicari nella boscaglia di Farga, presso Barlassina vicino a Como. Si dice che fece appena in tempo a scrivere la parola “credo” nella polvere e subito spirò.