Cosimo I de 'Medici a eu l’idée de construire un chantier naval à Pise pour les navires de la puissante flotte toscane. Cela faisait partie d'un projet plus vaste visant à redonner à Pise son ancienne splendeur, après sa chute dans le délabrement après sa reddition à Florence en 1509.

En 1562, l'Ordre des Chevaliers de Saint-Étienne fut institué. le chantier conçu par Buontalenti faisait partie de ce plan. Dès 1540, il était déjà pleinement opérationnel et en 1546, ce nouveau chantier naval construit par les Médicis lança la première galera entièrement construite par des artisans locaux.

Le chantier naval a été construit dans huit allées, chacune d'environ 60 mètres de long, 8 mètres de haut et 10 mètres de large. Bientôt, la cour devait être agrandie. En 1563, le "Giardino dei Semplici" (jardin d'herbes médicinales), situé à proximité, a dû être déplacé. Cependant, la concurrence des constructeurs navals de Livourne et de Portoferraio et les modifications de la politique maritime ont rapidement commencé à provoquer un déclin lent mais inexorable jusqu'à ce que, au milieu du XVIIIe siècle, sous le règne de la famille Lorena, les bâtiments soient adaptés aux écuries des chevaux des Dragons. régiment.

Maintenant, dans la partie rénovée des bâtiments du chantier naval, certaines découvertes archéologiques très importantes sont exposées. Ce sont des épaves et des objets d'usage quotidien récupérés de l'ancien port étrusque et romain. (5ème siècle avant JC au 5ème siècle après JC) près de la gare actuelle de San Rossore. Ces objets vont devenir le point central du futur musée des navires anciens.