L’église, fondée en 1230, portait autrefois le nom de S. Maria del Ponte novo et était un oratoire votif. Auparavant, il se trouvait au pied du pont qui reliait via St. Antonio à via S. Maria. On lui a donné le nom qu’elle porte encore aujourd’hui en 1333, quand une épine de la couronne d’épines du Christ a été donnée à l’oratoire.

Tout au long des années 1300, l'architecture et la décoration de l'église ont subi de nombreux changements. Il est largement admis que le directeur des œuvres était Lupo di Francesco, un artiste qui avait étudié et travaillé dans l’atelier de Giovanni Pisano. Il a repris les motifs décoratifs des frontons et des pinacles des façades des cathédrales de Sienne et d'Orvieto et les a mélangés avec des motifs typiques des monuments funéraires.

Les sculptures, en particulier dans le rang des apôtres, montrent clairement les liens étroits avec le style de Giovanni Pisano. La hauteur du front de l'église est prolongée par trois clochers et la façade est divisée par un pilastre central surmonté d'un édicule renfermant une Vierge et l'Enfant entre deux anges. Au-dessus, au-dessus des deux frontons, se trouvent des statues de l’Annonciation et du Rédempteur (atelier d’Andrea Pisano). L'intérieur est simple, avec des murs décorés de bandes horizontales de marbre bicolore. Sur le maître-autel se trouvent des statues, attribuées à Nino et Andrea Pisano, de la Vierge à l’enfant, de saint Jean-Baptiste et de saint Pierre.

Le tombeau sur le mur de gauche contenait autrefois la relique de Thorn, maintenant dans l'église de S. Chiara; dans le mur avant se trouve l'autel où se trouvaient autrefois la Madonna del Latte de Andrea et Nino Pisano (aujourd'hui au Musée de S. Matteo). En raison de l'affaissement, l'église a souvent dû être réparée et finalement, au milieu du XIXe siècle, il fut décidé de la démonter et de la déplacer plus haut au-dessus du lit de la rivière où elle avait été construite. La sacristie fut détruite et plusieurs statues perdues.