Era a ideia de Cosimo I de 'Medici construir um estaleiro em Pisa para os navios da poderosa frota da Toscana.Era parte de um esquema mais amplo restaurar Pisa ao seu antigo esplendor, após sua queda em degradação após a rendição a Florença em 1509.

Em 1562, a Ordem dos Cavaleiros de São Stephen também foi instituída, com isso comO estaleiro projetado por Buontalenti fazia parte desse plano.Em 1540, já era totalmente operacional e, em 1546, este novo estaleiro construído pelo Medicis lançou a primeira Galera a ser construída inteiramente por artesãos locais.

O estaleiro foi construído em oito corredores, cada um com aproximadamente 60 metros de comprimento, 8 metros de altura e 10 metros de largura.Logo o quintal teve que ser ampliado.Assim, em 1563, o "Giardino Dei Semplici", nas proximidades (jardim de ervas medicinais), teve que ser realocado.No entanto, a concorrência de construtores de navios em Livorno e Portoferraio e mudanças na política marítima logo começaram a causar um declínio lento, mas inexorável, até que, em meados do século XVIII, sob o domínio da família Lorena, os edifícios foram adaptados à estabilidade dos cavalos dos dragõesregimento.

Agora, na parte renovada dos edifícios do estaleiro, alguns achados arqueológicos altamente importantes estão em exibição.Estes são destroços e objetos de uso diário recuperados do antigo porto etrusco e romano.(Século V a o século V ao século V) perto da estação de trem de San Rossore de hoje.Esses objetos devem se tornar o ponto focal do futuro museu dos navios antigos.