Это была идея Козимо I Медичи построить в Пизе верфь для судов мощного тосканского флота. Это было частью более широкой схемы восстановления Пизы до ее древнего великолепия, после того, как она пришла в упадок после капитуляции во Флоренции в 1509 году.

В 1562 году был учрежден орден рыцарей святого Стефана. верфь, спроектированная Буонталенти, была частью этого плана. К 1540 году она уже была полностью введена в эксплуатацию, а в 1546 году на этой новой верфи, построенной Медичи, была запущена первая галерея, полностью построенная местными мастерами.

Верфь была построена в восьми проходах, каждый примерно 60 метров в длину, 8 метров в высоту и 10 метров в ширину. Вскоре двор пришлось расширять. поэтому в 1563 году близлежащий "Giardino dei Semplici" (лекарственный травяной сад) должен был быть перемещен. Однако конкуренция со стороны судостроителей в Ливорно и Портоферрайо и изменения в морской политике вскоре стали вызывать медленный, но неумолимый упадок, пока в середине 18-го века, под властью семьи Лорена, здания не были приспособлены для конюшни для лошадей драгунов. полка.

В настоящее время в отреставрированной части зданий Верфи представлены некоторые важные археологические находки. Это обломки и предметы повседневного использования, найденные в древнем этрусском и римском портах. (5-ое столетие до н.э до 5-ого столетия нашей эры) около современного вокзала Сан-Россоре Эти объекты должны стать центром будущего музея Древних Кораблей.