Fondé en 1923 pour commémorer le 400e anniversaire de la mort de Pietro Perugino, il a rouvert ses portes en 2000 avec un nouveau tracé traversant 25 chambres sur deux étages, ainsi que les vestiges suggestifs du palais de Martino IV, du palais des Consuls et du Palais. del Capitolo dei Canonici. Dans la voûte souterraine se trouve une tablette de pierre liée au tracé urbain de Pérouse à l’époque étrusque et romaine.

Présentant des œuvres d'art et des décorations religieuses d'églises de tout le diocèse et de la cathédrale, ainsi que des dons, il conserve de nombreuses peintures et sculptures du XIVe au XIXe siècle, y compris des œuvres des ateliers d'Arnolfo. di Cambio et Agnolo Daddi, et d'autres de Meo da Siena, Giannicola di Paolo et Bartolomeo Caporali. Les premiers maniérismes et le 17ème siècle sont représentés par les travaux de Danti, Scaramuccia et Batini. Le retable de Sant’Onofrio de Luca Signorelli (1484), qui représente la Vierge intransigeante intronisée, un ange jouant d’un instrument, et aux côtés de Jean-Baptiste et des saints Onofrio et Lorenzo, est particulièrement remarquable.