Opgericht in 1923 ter herdenking van de 400e verjaardag van de dood van Pietro Perugino, werd het in 2000 heropend met een nieuwe lay -out die door 25 kamers op twee verdiepingen slingert, door de suggestieve overblijfselen van Palazzo di Martino IV, Palazzo Dei Consoli en Palazzodel Capitolo Dei Canonici.In de ondergrondse kluis staat een stenen tablet gerelateerd aan de stedelijke lay-out van Perugia in de Etruskische-Romeinse tijd.

Het tonen van kunstwerken en religieuze decoraties van kerken in het hele bisdom en uit de kathedraal, evenals donaties, het behoudt talloze schilderijen en sculpturen uit de 14e eeuw tot 19e eeuw, inclusief werken uit de workshops van ArnolfoDi Cambio en Agnolo Daddi en anderen door Meo Da Siena, Giannicola di Paolo en Bartolomeo Caporali.Vroege maniërisme en de 17e eeuw worden vertegenwoordigd door het werk van Danti, Scaramuccia en Batini.Vooral opmerkelijk is het altaarstuk van Sant’onofrio van Luca Signorelli (1484), die de gekronteerde Madonna en het kind portretteert, een engel die een instrument speelt, en aan de zijkanten Johannes de Baptist en de heiligen Onofrio en Lorenzo samen met de Commissioning Party.