Es wurde 1923 anlässlich des 400. Todestages von Pietro Perugino errichtet und im Jahr 2000 mit einer neuen Anlage wiedereröffnet, die sich durch 25 Räume auf zwei Etagen zieht, durch die beeindruckenden Überreste des Palazzo di Martino IV, des Palazzo dei Consoli und des Palazzo del Capitolo dei Canonici. In dem unterirdischen Gewölbe befindet sich eine Steintafel, die sich auf die urbanesische Anordnung Perugias aus etruskisch-römischer Zeit bezieht.

Die Ausstellung von Kunstwerken und religiösen Dekorationen aus Kirchen in der gesamten Diözese und aus der Kathedrale sowie Spenden beherbergt zahlreiche Gemälde und Skulpturen aus dem 14. bis 19. Jahrhundert, darunter Werke aus den Werkstätten von Arnolfo di Cambio und Agnolo Daddi sowie andere von Meo da Siena, Giannicola di Paolo und Bartolomeo Caporali. Der frühe Manierismus und das 17. Jahrhundert werden von Danti, Scaramuccia und Batini vertreten. Besonders hervorzuheben ist das Altarbild von Sant'Onofrio von Luca Signorelli (1484), auf dem die thronende Madonna mit dem Kind, ein Instrument, das ein Instrument spielt, und an den Seiten Johannes der Täufer und die Heiligen Onofrio und Lorenzo gemeinsam mit der Auftraggebergruppe dargestellt werden.