Nya arkeologiska utgrävningar har avslöjat att Giardino Scotto -området (som inte alltid har varit en park) genomgick många förändringar.Eftersom det var vid sidan av huvudet via Aemilia Scauri, var det förmodligen redan delvis bebodd under romartiden.Det övergavs helt under tidig medeltiden men 1095 grundades kyrkan S. Andrea i Chinzica här.Vid 1200 -talet hade det blivit ett blomstrande område av hantverkare, mestadels krukmakare, så det var känt som Baraktularia.Under 1300-talet inrättades flera klockfonder för att kasta klockor i brons, en handel som Pisan Maestri utmärkte sig.

Efter att ha erövrat Pisa under 1500-talet byggde Florentinerna en förstärkt citadell här (1440-75), för att hålla vakten på stadens invånare.Brunelleschi deltog i projektet.För att konstruera citadellet revs alla konstruktioner i området men en del av stadens medeltida murar användes, varav två halvcirkelformade torn och en stenmur och plock i väster fortfarande stativ.

1495 förstördes fästningen delvis under ett pisanuppror.Mellan 1509 och 1512, efter den andra florentinska erövringen, använde Antonio da Sangallo en del av den tidigare konstruktionen för att bygga ett nytt stjärnformat fort i söder, fortfarande synlig idag från Piazza Guerrazzi och en bastion på Arnos strand.
Fästningen demonterades 1785 och i stället för bastionen byggdes en herrgård, fastigheten till Domenico Scotto, från vilken den tog sitt namn.Den del av fästningen bakom huset blev en privat trädgård.1936, när Palazzo blev Regia Questura, donerade de sista arvingarna parken till medborgarna i Pisa.