Des fouilles archéologiques récentes ont révélé que la région de Giardino Scotto (qui n'a pas toujours été un parc) a subi de nombreux changements. Parce que c'était le long de la principale avenue Emilia Scauri, elle était probablement déjà partiellement habitée à l'époque romaine. Elle a été complètement abandonnée au début du Moyen Âge, mais en 1095, l'église de S. Andrea à Chinzica a été fondée ici. Au 13ème siècle, il était devenu un quartier florissant d'artisans, principalement de potiers, ce qui lui valut le nom de Baractularia. Au XIVe siècle, plusieurs fonderies de cloches ont été créées pour couler des cloches en bronze, un métier dans lequel le maestro pisan excellait.

Après avoir conquis Pise au XVe siècle, les Florentins construisirent ici une citadelle fortifiée (1440) 75), à surveiller les habitants de la ville. Brunelleschi a participé au projet. Afin de construire la citadelle, toutes les constructions de la région ont été démolies, mais une partie des remparts médiévaux de la ville a été utilisée, dont deux tours semi-circulaires et un mur de pierre et un escarpement à l'ouest.

En 1495, la forteresse fut en partie détruite lors d'un soulèvement pisan. Entre 1509 et 1512, après la seconde conquête florentine, Antonio da Sangallo utilisa une partie de la construction précédente pour construire un nouveau fort en forme d'étoile au sud, encore visible de la piazza Guerrazzi, ainsi qu'un bastion sur les rives de l'Arno.
La forteresse a été démantelée en 1785 et à la place du bastion, un hôtel particulier a été construit, propriété de Domenico Scotto, à qui elle doit son nom. La partie de la forteresse située derrière la maison est devenue un jardin privé. En 1936, lorsque le palais devient la Regia Questura, les derniers héritiers font don du parc aux citoyens de Pise.