Kürzlich durchgeführte archäologische Ausgrabungen haben gezeigt, dass das Gebiet von Giardino Scotto (das nicht immer ein Park war) viele Veränderungen durchgemacht hat. Da es sich entlang der Hauptstraße Via Aemilia Scauri befand, war die Straße wahrscheinlich schon zu römischen Zeiten bewohnt. Sie wurde im frühen Mittelalter vollständig aufgegeben, aber 1095 wurde hier die Kirche S. Andrea in Chinzica gegründet. Im 13. Jahrhundert war es ein florierendes Gebiet von Handwerkern, hauptsächlich Töpfern, daher wurde es als Baractularia bezeichnet. Im 14. Jahrhundert wurden mehrere Glockengießereien errichtet, um Glocken in Bronze zu gießen, ein Handel, in dem sich der pisanische Maestri hervorgetan hat.

Nachdem die Eroberer Pisa im 15. Jahrhundert erobert hatten, errichteten die Florentiner hier eine befestigte Zitadelle. 75), um die Bewohner der Stadt zu beobachten. Brunelleschi beteiligte sich an dem Projekt. Um die Zitadelle zu errichten, wurden alle Bauten in der Umgebung abgerissen, jedoch wurde ein Teil der mittelalterlichen Stadtmauer verwendet, von der noch zwei halbkreisförmige Türme sowie eine Steinmauer und ein Steilhang im Westen erhalten sind.

Im Jahr 1495 wurde die Festung während eines Pisaner-Aufstands teilweise zerstört. Nach der zweiten Florentiner Eroberung nutzte Antonio da Sangallo zwischen 1509 und 1512 einen Teil der früheren Konstruktion, um im Süden ein neues sternförmiges Fort zu errichten, das heute noch von der Piazza Guerrazzi aus sichtbar ist, und eine Bastion am Ufer des Arno.
Die Festung wurde 1785 abgebaut und anstelle der Bastion wurde ein Herrenhaus errichtet, das sich im Besitz von Domenico Scotto befand, von dem es seinen Namen erhielt. Der Teil der Festung hinter dem Haus wurde zu einem privaten Garten. Als der Palazzo 1936 zur Regia Questura wurde, spendeten die letzten Erben den Park den Bürgern von Pisa.