Строительство началось 17 апреля 1565 года с целью строительства церкви для Ордена рыцарей Святого Стефана, основанной великим князем Козимо Медичи для борьбы с сарацинским пиратством в Средиземном море. Проект, разработанный Джорджем Вазари и Дэвидом Фортини и осуществленный под его надзором, заключался в том, чтобы построить церковь на месте более старой церкви под названием Сан-Себастьяно-алле-Фаббриче-Маджори, которая датируется как минимум 1074 годом. Новая церковь на этом месте была освящена 21 декабря 21 года. , 1569. Фасад из белого мрамора был разработан Доном Джованни Медичи, незаконнорожденным сыном Козимо I, с помощью Алессандро Пьерони; их проекты были выбраны по первоначальному плану Вазари. Надпись ознаменовывает завершение во время правления Фердинандо I Медичи.

Колокольня, также спроектированная Вазари, была закончена к 1572 году Джованни Фанчелли. Главные проекты алтаря были выполнены Пьером Франческо Сильвани. В течение следующих двух столетий было предложено и сделано много изменений и дополнений, в том числе планы Герардо Мехини, Паоло Гидотти, Раньери Герарди, Торпе Донати, Алессандро Герардеска, Флоридо Галли, Никколо Матаса и Паскуале Покианти. Окончательная реконструкция в 1859 году, завершенная после подавления порядка, создает более четкую внутреннюю систематизацию колонн, которую мы видим сегодня.
В церкви выставлены многочисленные трофейные баннеры, захваченные во время морских столкновений с сарацинскими пиратами. Шрифт для святой воды (1568) был создан Джованни Фанчелли по проекту Вазари.

На фасаде пять монохромных картин «Истории святого Стефано» и «Мученика», в том числе одна из них, посвященная входу Фердинанда I 31 марта 1588 года. Этот великий князь должен был поручить деревянный потолок Бартоломео Аттиччиати ( 1604).

Потолок имеет шесть картин на дереве, изображающих эпизоды исторических событий, в которых действовал военный заказ, в том числе Предоставление униформы Козимо Медичи Иль Чиголи, Возвращение флота из битвы при Лепанто и Увольнение Превезы Якопо Лигоцци, Посадка Алвори в Ливорно Марии Медичи, Победа на греческом архипелаге и Захват Боной Имполи.

Полихромная кафедра (1627 г.) была построена Киариссимо Фанчелли. Он содержит картины Пизана Аурелио Ломи Мадонны с младенцем со святыми Иосифом и Стефано (1593) и картину дворца Ордена.
Главный алтарь (1702–1709 гг.) в пресвитерии был спроектирован и вылеплен Джованни Баттистой Фоджини со статуей папы Святого Стефано и аллегорическими фигурами религии и веры, а также на бронзовом троне, рельефом с обезглавлением святого Стефано. Справа - картина Джорджио Вазари с "Погребением святого Стефано" (1571), а справа - "Рождение Христа" (1564) Бронзино.

В ризнице находится скульптурная группа Фоггини Святого Стефано и аллегория Разума и Троицы (1683), созданная по случаю перевода тела святого в эту церковь в 1682 году.

Часовня Святого Причастия была завершена в 1837 году Флоридо Галли.