Музей зоологии и сравнительной анатомии, основанный в XVIII веке как университетские коллекции палеонтологии и минералогии, с которыми он делится своим происхождением, ставит своей целью сохранение находок фауны, представляющих особый интерес для местной территории.

После наследства моденских граждан и покупок, которые имели место несколько раз между 1830 и 1845 годами, музейное наследие быстро росло, особенно в орнитологическом секторе, также благодаря частым пожертвованиям герцога Франческо IV как экзотических экземпляров, выведенных при дворе, так и мертвых в неволе, и местной фауны.

В последнее время в зоологических коллекциях произошел новый рост благодаря материалам, пожертвованным частными или государственными органами, или в результате изъятий, проведенных таксидермистами или конфискованных у охотников, или в результате коллекций исследований. На кафедре биологии животных университета в настоящее время насчитывается около 3000-3500 натурализованных позвоночных (птицы, млекопитающие, рыбы, рептилии), около ста из которых относятся к "фауне позвоночных в области Модена", установленной в виде небольших диорам. ; около 1000 образцов позвоночных животных (особенно рыб и рептилий), хранящихся под жидкостями; около 250 скелетов и анатомических частей позвоночных; несколько сотен беспозвоночных, хранящихся в спирте или формалине.

Наследие также включает важную малакологическую коллекцию, состоящую из нескольких тысяч коробок, каждая с одним или несколькими экземплярами; сто энтомологических коробок с неизвестным количеством образцов; дюжина витрин, содержащих богатую коллекцию паразитических и ядовитых животных (Franchini Collection).