A menção mais antiga de uma igreja dedicada a São Francisco é em 1233. A comunidade de Pisan de frades menores se expandiu rapidamente, auxiliada pelo apoio da cidade e doações particulares.A igreja tornou -se um importante local de encontro para o público, a sede de um estúdio, com uma biblioteca e um Scripttorium.

Em 1261, em reconhecimento ao importante papel dos pregadores de frade, o arcebispo Visconti inaugurou a extensão da Igreja sob a orientação de Giovanni di Simone.O campanário, ousadamente apoiado por um arco voador, é particularmente interessante.Problemas financeiros, conectados às guerras no final do século XIII, interrompem a construção.O fato de a igreja ainda estar incompleta no início dos anos 1300 é claramente evidente de frente, iniciada em mármore doada pela família Gualandi, mas apenas concluída sob o Medicis.Mais tarde, a Igreja e o Mosteiro foram reformados várias vezes: dois novos claustros e a capela de S. Bernardino foram adicionados no século XV.Entre os séculos XVI e XVII, os altares da contra -reforma foram erguidos e as janelas da nave colocadas, as operações danificaram os afrescos do século XIV.

A maioria dos móveis da igreja foi dispersa com a supressão de mosteiros sob os governantes de Lorraine e Napoleão.A tela do altar representando histórias da vida de São Francisco, atribuída a Giunta Pisano, está agora no Museu de S. Matteo, enquanto o famoso Cristo de Cimabue em Majestade e os Estigmatos de Giotto foi para o Louvre.No altar, há um retábulo de mármore esculpido de Tommaso Pisano da Madonna e da criança com santos.Os restos do que antes eram os grandes ciclos de afrescos do século 14 sobrevivem na capela principal e nas capelas transeptos.A leste da sacristia está a capela Sardi-Campiglia, decorada com afrescos por Taddeo di Bartolo (1397) e um ciclo pintado por Niccolò Di Pietro Gerini (1392) pode ser admirado na casa do capítulo.