Det tidigaste omnämnandet av en kyrka tillägnad St. Francis är 1233. Pisan -samhället av mindre friare expanderade snabbt, med stöd av stöd från staden och privata donationer.Kyrkan blev en viktig mötesplats för allmänheten, sätet för ett studium, med ett bibliotek och ett scriptorium.

År 1261, som erkännande av den viktiga rollen som Friar -predikanterna, invigde ärkebiskopen Visconti förlängningen till kyrkan under ledning av Giovanni di Simone.Belfry, vågigt stöd av en flygande båge, är särskilt intressant.Ekonomiska problem, kopplade till krig i slutet av 1200 -talet, stoppade byggnaden.Att kyrkan fortfarande var ofullständig i början av 1300 -talet framgår tydligt framifrån, som började i marmor donerad av Gualandi -familjen men endast slutfördes under Medicis.Under senare århundraden renoverades kyrkan och klostret flera gånger: två nya kloster och S. Bernardino -kapellet lades till på 1500 -talet.Mellan 1500- och 1600 -talet uppfördes motreformationsalteren och fönstren i sjön, som båda operationerna skadade fresker från 1300 -talet.

De flesta av kyrkamöblerna spriddes vid undertryckande av kloster under Lorraine -härskarna och Napoleon.Altarskärmen som visar historier från St. Francis liv, tillskrivet Giunta Pisano, är nu i S. Matteo -museet, medan Cimabues berömda Kristus i majestät och stigmata av Giotto gick till Louvren.På altaret finns ett snidat marmor -altarstycke av Tommaso Pisano från Madonna och barnet med heliga.Resterna av det som en gång var stora 1300 -talets frescoed -cykler överlever i huvudkapellet och i Transept -kapellen.Öster om Sacristy är Sardi-Campiglia Chapel, dekorerat med fresker av Taddeo di Bartolo (1397) och en cykel målad av Niccolò di Pietro Gerini (1392) kan beundras i kapitelhuset.