Foi fundada em 1638 (com o nome de Giardino Dei Semplici), com uma ordenança da Universidade de Messina, de Pietro Castelli: ele era de Roma, aluno do famoso cientista Cesalpino, professor de filosofia e medicina do Archi-Gymnasiumde Messina.Já diretor do Orti Farnesiani de Roma, ele foi procurado por Pádua, que o queria para a universidade deles.A terra foi dada pelo Senado, que pagou por sua construção.Foi colocado na parte de trás de Porta Imperiele, ao longo das paredes da cidade.O Jardim Botânico foi o primeiro na Sicília e um dos primeiros e maiores (aproximadamente 164 x 1837 pés) do mundo ocidental.Logo foi comemorado como um monumento científico puro, um dos mais importantes da Itália por seu arranjo original e suas ricas coleções.O próprio Castelli descreveu em seu trabalho "Hortus Mesanensis", impresso em Messina em 1640: nele ele descreve com precisão o método de catalogação, uma maneira original e avançada para esse tempo;De fato, ele colocou as plantas em 14 classes e deu uma nomenclatura anti-linna (mais tarde o botânico A. Arrosto traduziu o catálogo na nomenclatura linnaeana).O sucessor de Pietro Castelli foi Marcello Malpighi, fundador da histologia e anatomia comparativa (foi aqui em Messina que ele fez a maioria de suas observações usando um microscópio).Mas esse primeiro jardim botânico terminou após a revolução contra o reinado espanhol em 1678. O reinado espanhol, de fato, queria punir a cidade destruindo sua vida cultural para evitar mais revoltas e assumir o controle político.Além da supressão de todos os privilégios seculares, a universidade foi fechada e o jardim botânico destruído.

Em 1838, a Universidade de Messina foi aberta novamente, mas o Jardim Botânico teve que esperar mais de 50 anos para começar de novo: 29 de abril de 1889, o município deu quatro hectares de terra perto do fluxo de Portaleg.Um novo jardim botânico.Antonio Borzì liderou o projeto.Ele era um cientista muito famoso em todo o mundo e era um precursor do estudo dos estudos ontogenéticos de muitas algas.Infelizmente, porém, um novo desastre aconteceu: o terremoto de 1908 causou muitos danos, mas, ainda mais grave, foi a construção nessa área de acomodações para os evacuados.Atualmente, há apenas um espaço de um hectare, e alguns quartos foram dados à Faculdade de Direito.O Jardim Botânico, na Piazza XX Settembre, ainda é muito vital para a cidade e um grande interesse: aí você pode encontrar espécimes gigantescos da rara brutia de Pinus, Dracaena Draco, Ferns Arborescentes, Tipuana da Bolívia e Calodendrum da South Africa., o sapindus (também chamado de Soap Tree), os Lianas da Amazônia e também o Papiro do Nilo e Ciane.