De barokke kerk van San Michele heeft een interne unieke omgeving, waar drie altaren worden geplaatst: de belangrijkste en de twee langs de zijwanden.Door twee S-vormige trappen dicht bij het belangrijkste altaar kun je afdalen in de crypte waar volgens de traditie de relikwieën van St. Nicholas tijdelijk werden afgezet door Abbot Elia.Door een smalle doorgang gevormd in de balie kun je in plaats daarvan toegang krijgen tot de archeologische opgraving die wordt uitgevoerd tijdens de renovatie van de kerk in de jaren 80 van de vorige eeuw: hier kun je de overblijfselen vinden van een reeds bestaande structuur, waarschijnlijk geïdentificeerd met de kerk van ST.