Il museo è allestito all’interno dei palazzi Miniscalchi (sec. XV) e Miniscalchi-Erizzo (sec. XIX).
Il corpo di fabbrica da cui si accede al museo è un gioiello d’architettura tardo-gotica, unico nel contesto urbano veronese. Il percorso museale si articola nei quattro vani dell’atrio e in quindici sale del primo piano, ognuna caratterizzata da collezioni specifiche: piccoli bronzi del Rinascimento, disegni di maestri del Cinquecento, raccolte archeologiche, armi e armature rinascimentali, arte sacra, arredi del Settecento veneto, vetri antichi, avori, maioliche e porcellane. La disposizione dei preziosi reperti segue criteri museologici attuali ma è resa suggestiva dalla presenza di dipinti e di mobili antichi della dimora che fu della famiglia Miniscalchi per cinque secoli. Di rilievo la ricostituzione parziale della Wunderkammer, la più antica d’Europa, dello speziale Francesco Calzolari (metà sec. XVI), la biblioteca antica e la cappella domestica che completano e arricchiscono il percorso museale. Al piano terreno tre sale attrezzate sono riservate alle esposizioni temporanee.
Al secondo piano si trovano la sala conferenze per 90 persone e quattro sale riservate agli antichi archivi.
Un ascensore a norma per non deambulanti dà accesso sia al piano nobile sia alla sala conferenze.