La fontana, situata in piazza Cavour accanto alla statua di Paolo V, venne costruita nel 1543 da Giovanni da Carrara nel rispetto dell'impianto originario. Molto più antico è infatti il tamburo che sostiene la Pigna, risalente all'epoca romana e ricco di bassorilievi.

La bellezza e la forma dei giochi d'acqua incantò anche Leonardo da Vinci la cui testimonianza è incisa sul monumento: "Fassi un'armonia con le diverse cadute d'acqua, come vedesti alla fonte di Rimini." 

Leonardo giunse infatti a Rimini come ingegnere e consigliere militare di Cesare Borgia, e rimase colpito dal gioioso suono delle cannelle d’acqua della fontana principale della Città.

Come lui stesso scrive: "Fassi un’armonia colle diverse cadute d’acqua, come vedesti alla fonte di Rimini, come vedesti addì 8 d’agosto 1502".

Questa armonia gli avrebbe suggerito l’idea di costruire un organo idraulico utilizzando l’acqua non come pompa per comprimere l’aria, come accadeva negli organi tradizionali conosciuti, ma facendo suonare l’acqua stessa che cadeva dentro vasi di diversa forma. 

La fontana rappresentò l'unica risorsa di acqua potabile della città fino al 1912, quando fu inaugurato l'acquedotto pubblico e ancora oggi la sua acqua è apprezzata dai passanti, soprattutto nelle calde serate estive.

La pigna sostituì nel 1809 la piccola statua raffigurante San Paolo posta nel 1545 ed ora visibile nel museo della città.