Costruita per i frati Barnabiti nel IX secolo, sulle rovine del Pretorio dove la tradizione narra che fu tenuto prigioniero Sant'Alessandro martire, la chiesa è a pianta centrale con una cupola che fa da presbiterio.
Si è ipotizzato che l’edificio fu costruito dall’Alessi, di ritorno da Genova e attivo in quel periodo a Milano. La facciata, decorata da bassorilievi, è affiancata da due campanili. La piazza che accoglie la grande chiesa è uno dei pochi spazi della vecchia Milano non intaccati dalle ricostruzioni postbelliche.
Gli interni barocchi sono decorati da una serie di dipinti d’arte lombarda realizzati da Camillo Procaccini tra il ‘600 e ‘700, come: l’Assunta, nell'ultima cappella della navata destra; il Presepio, nella cappella di testa della navata destra e definita una delle migliori opere dell’artista e infine la Crocefissione nella prima cappella a sinistra. Da ricordare anche la Flagellazione di Daniele Crespi e il dipinto dell'Ossana nella prima cappella a destra.
Numerose famiglie milanesi concorsero con forti lasciti alla costruzione della chiesa ottenendo il patronato delle diverse cappelle. Nella Cappella dedicata a san Pancrazio sono conservate le spoglie di sant’Alessandro.
Il pretorio, secondo un'ipotesi esposta dal Torre, fu chiamato «di Zebedia» dal nome di un giudice che teneva il comando.
Da non perdere le decorazioni lignee e quelle delle volte affrescate come esempio dello stile barnabita.
La Chiesa è ricca di opere pittoriche del’600, ma anche di affreschi realizzati da Federico Bianchi, Filippo Abbiati e molti altri. L’altare maggiore (del 1741) è opera di G. B. Riccardi.