Une des églises les plus anciennes de Rome, érigée dans la maison du sénateur Pudente, qui aurait abrité San Pietro et où, plus tard (au cours de la IIe siècle), un bâtiment thermal a été construit. Ce dernier a été transformé en basilique, entre la fin du IVe siècle et le début du IXe siècle, pour être ensuite dédié à Santa Pudenziana (probablement la soeur de Santa Prassede). Sous la papauté d'Adriano Ier, l'église a été reconstruite, puis restaurée sous Gregorio VII et par le pape Innocenzo III, à qui nous devons le magnifique clocher.

En 1589, il fut largement modifié par la main de Francesco da Volterra. La façade reconstruite sur l'ordre du cardinal Luciano Bonaparte, acheteur d'Antonio Manno (1870), représente une merveilleuse frise de C. XI, la conversion du cadre d'origine de la porte, avec les médaillons de Pastore et Pudente, Pudenziana et Prassede et, au milieu, le mystique Agnello. A l'intérieur de l'église, divisée en trois nefs par trois colonnes antiques, on peut admirer la mosaïque de CIV et gravée en 500, parmi les plus anciennes de Rome.