L'Université de Pavie, Museo di Storia Naturale, a été créée en 1771 par ordre de Marie-Thérèse d'Autriche, qui a nommé son directeur Lazzaro Spallanzani, titulaire de la chaire d'histoire naturelle. Les collections se sont considérablement développées sous sa direction par le biais d’achats, d’échanges et de dons, et le musée est rapidement devenu l’un des plus célèbres du genre en Europe.

Le 19ème siècle a connu une seconde période de splendeur avec une expansion des collections, notamment grâce aux contributions de grands explorateurs.

Le musée abrite actuellement le matériel ancien dans différents locaux. La section zoologie comprend des milliers d'oiseaux et de mammifères empaillés, de nombreux amphibiens, reptiles et poissons conservés dans un liquide, ainsi qu'une très riche collection d'insectes.

La section d'anatomie comparée comprend des préparations d'organes et de squelettes montés. L'importante section de paléontologie compte plus de 30 000 spécimens d'animaux et de plantes fossiles.