Les frères mineurs capucins, qui appartiennent à un ordre religieux présent en Lombardie depuis 1535, ont été appréciés par la population pour leur travail au service de la population de jour en jour. À Milan en particulier, ils sont devenus une sorte d'institution. Les frères, qui sont engagés dans la charité et sont également sensibles aux expressions de la beauté, ont créé un musée qui présente principalement des œuvres religieuses. Le patrimoine de l'Ordre est ainsi mis à la disposition de tous, à l'instar du frère Galdino dans une citation célèbre de l'auteur Alessandro Manzoni: "Nous sommes comme la mer qui reçoit un afflux venant de tout autour et distribue ce qu'elle a reçu de loin." Pour cette raison, l'entrée au musée est gratuite. Les visiteurs qui le souhaitent peuvent faire un don pour soutenir le travail du Musée.
L'une des collections du Musée est une étude iconographique de saint François d'Assise, fondateur de la famille franciscaine à laquelle appartiennent les frères mineurs capucins. Le musée conserve des œuvres de grande valeur, telles que le voile de Veronica de Guercino (début du XVIIe siècle) et la Via Crucis (chemin de croix) de Giovanni Domenico Tiepolo (1749).