El primer cementerio judío en Bolonia, ubicado entre la iglesia de Baraccano y la iglesia de San Pietro Martire, fue cerrado en 1569 después de la expulsión de los judíos de la ciudad. Para no dejar rastro, su cementerio fue cedido a las monjas de San Pietro, y luego destruido por completo. Las cuatro lápidas en el Museo Medieval provienen de este sitio antiguo.

Particularmente notable es la lápida de Shabatài Elkanàn de Rieti, que es un raro ejemplo de arte figurativo judío ya que no se ha observado la regla que prohíbe la toma de imágenes grabadas. El frente, en una base rústica, muestra el busto de un joven que sostiene un pergamino con un epígrafe en caracteres judíos. La parte posterior presenta una cabeza alada de bajorrelieve que contiene un texto poético en hebreo y dos putti alados esculpidos decoran los lados. Estas piedras son importantes testimonios no solo del arte funerario sino también del estilo de escritura judío de la época.
El cementerio judío actual, establecido en 1869, está ubicado en el cementerio monumental de Certosa en Bolonia.