Kyrkan byggdes mellan 1236 och 1254 av Franciscan Community.Medlemmarna i samhället anlände till Bologna 1218 när Bernardo di Quintavalle, en av de första lärjungarna i San Francesco, flyttade hit.San Francesco gick med i sina lärjungar i Bologna några år senare.

För närvarande är kyrkan en slags pastiche av olika stilar inklusive romansk, gotisk och tidig renässans.

Den höga gotiska-romerska fasaden, de två klocktornen (den största som går tillbaka till de första åren av 1500-talet och den andra till 1260), och bågarna i kapellen är särskilt viktiga.Bredvid kapellen finns det två byggnader på 1100 -talet där Accursio, Odofredo e Rolandino de 'Romanzi begravdes.

Inuti kyrkan, omgiven av en stram och imponerande struktur, sticker ett underbart marmor-altarstycke: det skulpterades mellan 1388 och 1393 av venetianerna Jacobello och Pier Paolo Dalle Masegne.Dessutom finns det flera anmärkningsvärda gravmonument som påven Alexander V's grav designad av Sperandio (1482), det romanska Muzzarelli -kapellet och de luftiga klosterna (1400- och 1500 -talet) av det närliggande klostret.